У ребенка Эдипов комплекс?

Судя по тому, что вы описываете, это - не совсем обычное проявление эдипова комплекса. Если вы читали внимательно, то речь там о БЕССОЗНАТЕЛЬНОМ (чаще) влечении, которое, собственно, в норме выливается отнюдь не в попытки заняться сексом с мамой, а в конкуренцию с отцом. Через это происходит, в том числе, идентификация себя как мужчины. 

Бессознательное же влечение к матери так и остается в бессознательном, и в силу того, что инцест табуирован (и должен таковым оставаться) - оно может и должно переключаться естественным порядком на девушек. Собственно, по теории Фрейда Эдипов комплекс и проживается в итоге через выбор подходящего объекта влечения и обретения себя как мужчины.

Теперь о реальности. Как вы понимаете сами, эта ситуация за рамки среднего явно выходит. Рассуждать о какой-либо паталогии в формате форума "вопрс-ответ" - непрофессионально, для определения более точных рамок происходящего стоило бы общаться с вами и с женой, чтобы прояснить обстановку в семье и нюансы поведения ребенка, а также порассрашивать о его детстве и понять картину в целом более глубоко. 

На уровне же каких-то минимальных "прикидок" могу сказать вот что:

На вопрос: зачем? долго не отвечал, а потом выпалил, что мечтает заняться с ней сексом.

Следующим вопрсом было бы логично спросить, понимает ли он, что ему стоит выбрать другой объект для сексуального влечения? Что мама - не подходящий объект для этого? И почему бы ему не увлечься какой-нибудь девочкой из класса, к примеру? Что ему мешает?

Такие разговоры стоило бы вести спокойно, без осуждения, давая понять ребенку, что его фантазии - это не страшно, но они не всегда осуществимы в реальности. Понимает ли он, почему нельзя ывыбрать маму в качестве такого объекта? И если нет, то стоит найти подходящие слова и объяснить.

Интересно еще другое. Если он довольно открыто признается в таких фантазиях, то, вероятно, и понятия о том, что инцест - это табу, у ребенка нет? Как думаете, почему?

Стал замечать, что жена может переодеть нижнее бельё при спящем сыне

А вы не спрашивали ее, почему невозможно выходить для этого в другую комнату? На всякий случай, даже если ребенок спит - зачем лишние провокации? В чем ее потребность переодваться при сыне? Понимает ли она, что тем самым может невольно давать повод для фантазий сыну? Ведь никто не гарантирует, что он точно спит или точно не проснется в этот момент?

в сновном Эдипов комплекс рассматривается на примере раннего возраста и очень мало о подростковом периоде.

Да, потому что в подростковом периоде мальчики в основном переключаются на девочек-ровесниц в среднем, и это -  нормальное течение процесса. В случае же ребенка вашей жены, возможно, произошло какое-то застревание в этой ранней фазе, из которой ребенку по каким-то причинам сложно пока выйти в более взрослую.

Говорил с женой об этом, она изначально испугалась, а потом стала думать, что я преувеличиваю.

...И тогда все останется как было? И просто будет пущено на самотек? Или вы пришли к какому-то решению?

В этом во всем есть еще один фактор. Вероятно, мальчик чувствовал до поры, что мама как бы принадлежит ему. Тут появляетесь вы (потенциальный конкурент за внимание мамы), и, естественно, ребенок в эту борьбу за внимание мамы включается. Почему он включается в нее вот так - это правда уже нужно выяснять, изучая более детально ситуацию в семье. Но происходит, таким образом, классическая для Эдипова конфликта ситуация - вы пытаетесь утвердиться как глава семьи, ребенок пытается оспорить это ваше право, потому что видит в этом посягательства на свои права на маму, которые еще и воспринимаются через призму растущего в нем мужчины. И чем сильнее будет противостояние между вами и мальчиком, тем сильнее вероятность обострения внутреннего конфликта у ребенка, который он и будет, возможно, дальше проявлять через сексуальное влечение.

Люблю жену, но она часто жалуется, что я в попытках утвердиться как глава семьи, становлюсь деспотичным.

Может быть, действительно, стоит поискать другие формы установления "главенства". Да и само главенство - вопрос спорный. Одно дело - требовать к себе уважения как к взрослому человеку. Другое - считать, что кто-то в семье главнее других. В семье не обязательно должен быть глава. Бывают партнерские варианты и не обязательно делать одного "вожаком". Не стоит путать шаблон ("мужчина всегда должен быть главой семьи") с необходимостью выстроить иерархию "взрослый - ребенок" (ребенок действительно во многих случаях должен уважать решения взрослых, так как от взрослых зависит его выживание). Но это - разные ещи. Если второе - вполне логично и необходимо, то первое - совершенно не обязательно.

Подумайте, не путаете ли вы эти две вещи:

1.  ставить себя на место главного и деспотично отстаивать свое "первенство" даже перед другим взрослым (женой) в семье.

2. требовать уважения и строить иерархию, где вы, взрослый, имеете больше веса в принятии решений, чем ребенок

Ребенком это будет восприниматься по-разному. Если со вторым он может сжиться и на этом уровне с ним можно договариваться, то с первым он будет испытывать постоянное ощущение унижения себя как личности и будет яростно протестовать в разных формах.

Возможно, как раз сам факт ваших отношений с женой, ваше появление в семье с идеей "мужчина должен быть главой" вызвало у ребенка внутренне очень сильную реакцию, которая так и проявилась. Это не значит "вы виноваты". Это значит, что вы можете на ситуацию в том числе влиять, если грамотно с ней обращаться.

Понятно, что и к вашей жене  тут были бы вопросы, ведь настолько открытое и осознанное влечение ребенка к матери не могло сформироваться просто так - этому способствовали какие-то факторы в семье. Понятно, что мама ребенка (ваша жена) могла и не знать, чем чреваты какие-то, предположим, вольности вроде чрезмерной обнаженности в определенные периоды формирования ребенка или какие-то другие факторы поведения, о которых она могла даже не догадываться, что они так появлияют, но все равно тут стоило бы разбираться.

И если вы оба не хотите, чтобы ситуация с ребенком развивалась по тревожащему вас сценарию, стоило бы, думаю, разобраться вместе со специалистом. По крайней мере, у вас в результате такой работы скорее всего появится ясность, откуда что берется в вашей конкретно ситуации и как вы с женой можете направить вашу семейную лодку в нужное вам и более комфортное для всех русло...

С уважением, Несвитский Антон Михайлович