Кира появилась на свет в 1934 году в молдавском городе Сороки. Отец девочки по профессии был инженером, но работал секретарём компартии Румынии (подпольной). В 1941 году во время войны он был расстрелян.
Мать Киры была врачом-гинекологом (по национальности еврейка), с 1928 года состояла в компартии. После окончания войны Наталья Исааковна занимала должность в министерстве культуры республики, а позже была замминистра здравоохранения Социалистической Республики Румыния. Кира в те годы имела специальный пропуск, благодаря которому могла попасть в любой кинотеатр в городе Бухаресте. Часто девушка сбегала с уроков, чтобы попасть в кино.
Кира имеет два высших образования, которые получила после школы. Сначала девушка училась на филолога в Московском государственном университете, а позже получила диплом режиссёра во ВГИКе, где мастерами её курса были Тамара Макарова и Сергей Герасимов.
В качестве кинорежиссёра Кира Георгиевна сняла 21 киноработу. Первым фильмом Киры Георгиевны был проект «Короткие встречи», который она не только сняла как режиссёр, но и приняла в нём участие как актриса вместе с Владимиром Высоцким. Фильмы Киры Георгиевны называют интеллектуальными с особой манерой подачи. Чаще всего в её авторских картинах поднимались темы нравственности в жизни людей. Также артистка написала 16 сценариев, на которые были сняты интересные кинопроекты.
Муратову прозвали автором «неправильного кино». Ее картины вызывали неоднозначную реакцию, подвергались критике. Она любила обращать к сюжетам о жестокости и к теме ада на земле, из-за чего ее обвиняли в «чернухе». Тем не менее, режиссер имеет огромную армию почитателей своего таланта.
С 1961 года Кира работала режиссёром на Одесской киностудии. В 1990 году Кира Георгиевна была удостоена звания Народной артистки УССР.
Первый раз Кира вышла замуж, когда была ещё студенткой. Её мужем стал сценарист и режиссёр Александр Муратов. В этом творческом браке родилась дочь Марианна, которая впоследствии трагически погибла. После дебютной премьеры фильма Киры (в 70-ых годах) супруги развелись.
Вторым супругом артистки также был творческий человек – художник и сценарист Евгений Голубенко, с которым Кира прожила до последних своих дней. Дома Кира Георгиевна была спокойным уравновешенным человеком, а во время съёмочного процесса становилась бескомпромиссным и строгим режиссёром.
Артистка любила поесть, но предпочитала простую еду. Даже в какой-то период она хотела стать вегетарианкой, но так и не решилась на этот шаг. Последние годы режиссёр жила в Одессе и вела непубличный образ жизни. Интервью Кира Георгиевна давала редко и мемуары не писала. В 2017 году Муратова стала членом Американской киноакадемии.
Кипа Георгиевна скончалась летом 2018 года в Одессе.
