Был ли тормбоз?

Ситуация не понятная. Заключение врача еще больше Вас запутало.
Давайте по порядку.
При тромбозе боли обычно постоянные, и за короткое время не проходят. Если тромбы в поверхностных венах — всегда есть внешне заметное покраснение и уплотнение вен. Если в глубоких — всегда есть достаточно мощный отек ноги.
По доплеру — увидеть пристеночные тромбы возможным не представляется. Должно быть Вам делали Дуплексное сканирование?
Тромбоз с сохранением функции клапанов — это нонсенс. Если работа клапанов оценена правильно — скорее всего пристеночно увидели не тромбы, а что-то другое (вплоть до артефактов).
Показатели крови не могут подтвердить диагноз тромбоза. МНО 1 — это норма для всех людей. Когда при лечении тромбоза назначается антикоагулянтная терапия — именно эти препараты увеличивают МНО до 2-3. Если Вы их не принимаете — конечно МНО у Вас будет 1. Это даже очень нормально.
Боли в ноге теоретически могут быть связаны с позвоночником.
Однако с учетом того, что подозрения на перенесенный тромбоз у Врача возникли, а заболевание это само по себе очень опасное, в некоторых случаях даже для жизни — лучше обратитесь для подстраховки к другому флебологу в специализированном флебологическом центре. Если после дуплексного сканирования тромбоз исключат — идите смело лечить ногу к невропатологам.