Программы для бега

увеличивать нагрузку постепенно, не резко. ну, и как сказали растягивать. Причем, надо почитать, какие именно мышцы.
Например, если болит колено, то на самом деле надо укреплять и растягивать приводящие мышцы бедра. Внутренние или внешние, смотря с какой стороны болит.