В 22 года Гарнер вышла замуж за актера Скотта Фоли (Scott Foley), но брак распался в 2004 году.
— Жаль, что тогда некому было сказать мне, что с замужеством стоит подождать хотя бы до 30 лет, — заявила актриса в интервью изданию The Sun. — Я вышла замуж с 20 с небольшим, и развод был очень тяжелым опытом. Я была очень несчастна, но все же сумела с этим справиться и сохранить веру в брак.
Вскоре после развода со Скоттом Дженнифер начала встречаться с Беном Аффлеком, и уже в 2005 году вновь стала замужней женщиной.
— Бен не просто мой муж — он моя опора и поддержка во всем. Он очень любящий и щедрый мужчина, — говорит она. — Я сразу поняла, что он будет хорошим отцом, и не ошиблась. Но больше всего меня удивило то, что если что-то случается, он реагирует намного спокойнее, чем я.
Напомним, что у Дженнифер и Бена уже есть две дочери — 6-летняя Вайолет (Violet) и 3-летняя Серафина (Seraphina). На свет вот-вот появится третий малыш, чей пол родители пока держат в тайне. Ранее Гарнер признавалась, что будет рада третьей девочке — у самой актрисы две сестры, поэтому она точно знает, что расти в подобной семье очень здорово. А вот Бен мечтал о мальчике — вероятно, его немного пугала перспектива остаться единственным мужчиной в «женском царстве».
Третий ребенок пары должен родиться в конце февраля — начале марта.